Глобальное выравнивание
Было предложено построить глобальное выравнивание двух
коротких последовательностей:
1) Последовательность из первых 4-х остатков данного белка.
2) Последовательность из 5 букв, полученную следующим образом:
в последовательность первых 4-х остатков данного белка были
введены две замены
и в произвольном месте была вставлена дополнительная буква.
В результате применения к данным последовательностям алгоритма
Нидельмана-Вунша
была получена следующая матрица:
При построении были использованы следующие параметры:
- Последовательности: SEQH, SNDQK
- Вес совпадения — 2, вес замены — -1, штраф за делецию — -2
- Оптимальное выравнивание:
S-EQH
| |
SNDQK
- Вес: 0
|
Локальное выравнивание
Было предложено построить локальное выравнивание двух коротких последовательностей:
1) Последовательность из первых 9-ти остатков данного белка.
2) Последовательность, составленная из ы 2, 3, 7, 8, 9 аминокислотных остатков данного белка
В результате применения к данным последовательностям алгоритма Смита-Ваттермана
была получена следующая матрица:
При построении были использованы следующие параметры:
|